お問い合わせフォームで送信される通知メールの送信元は設定できますか？

サーババージョン3のみ設定が可能です。

契約ドメイン内の任意のアドレスを送信元アドレスに設定できます。
ここで設定された送信元アドレスはWebサイト作成（CMS）、問合せフォーム設定の通知メールに利用されます。