アルファオフィスを1日中使っていますが、時々再ログインをしないと使えません。再ログインしないで使うことはできませんか?

できます。アルファオフィス利用者機能の「設定」の「全般」のページに「タイムアウトの設定」があります。こちらから「定期的にサーバーに接続する」を選択してください。
なお、「定期的にサーバーに接続する」を選択していても、ログイン後8時間を経過しますとタイムアウトいたします。