申請書のデータを出力することはできますか？

できます。管理者機能の[ワークフロー］＞［データ管理］＞［申請データファイル出力］＞[申請書に入力した情報のデータ]から指定した申請データをCSV形式で出力できます。
また、添付データもあわせて出力したい場合は[申請書に入力した情報と添付ファイルデータ]から出力できます。